Ia belajar dan mengambil banyak dari renungan-renungan ulama-penyair-sufi Jalaluddin Rumi yang memandang hati sebagai rumah Tuhan, dan diri sebagai miniatur semesta. Lahir  kesadaran mengenai rasa menyatu (oneness) dengan keseluruhan. 

Berbeda dengan spiritualitas gerakan New Age, yang skeptis terhadap sains dan agama, Denny justru mengembangkan jenis spiritualitas yang didasarkan pada riset sains. Itulah yang disebutnya Spiritualitas Baru Abad 21 yang sepenuhnya narasi ilmu pengetahuan.

Denny mengambil intisari agama yang bersifat universal tanpa mereduksi keunikan setiap agama, apalagi mencampakkannya.

Agama tumbuh dalam budaya yang berbeda-beda di setiap negara, dan berdasarkan itu muncul tafsir yang sesuai dengan kebutuhan kontekstual.

Berdasarkan itu Denny menyerukan agar umat Islam Indonesia, misalnya, mengembangkan tafsir mereka sendiri yang sesuai kebutuhan. Sebagaimana umat Islam di Eropa yang mengembangkan tafsir mereka sendiri. 

Singkatnya, pemikiran keagamaan Denny JA dapat diringkaskan dalam sembilan butir sbb:

1. Pentingnya pendekatan kuantitatif untuk membuat perbandingan soal  peran agama  di masyarakat.

2. Para arkeolog berjasa mengkonstruksi ulang kisah agama.

3. Setelah Nabi tiada, tiada pula tafsir tunggal agama. Yang tersisa adalah perebutan tafsir. Penting kita memilih tafsir yang sesuai dengan prinsip HAM.

4. Islam Eropa memgembangkan tafsir Islamnya sendiri yang sesuai dengan kultur Eropa.  Kita pun di Indonesia tak perlu terikat dengan tafsir kultur Timur Tengah.