Ketika cara halus tidak bisa dipakai, maka cara yang lebih keras dilakukan, yaitu dengan melakukan tindakan militer.

Basis NU di daerah tapal kuda khususnya Banyuwangi mulai dijadikan target operasi. Kerusuhan massa pun dikobarkan.

Pada10 Oktober 1996, terjadi kerusuhan anti-Kristen dan anti-orang keturunan Tionghoa di Kabupaten Situbondo, Jawa Timur. Massa mengamuk,  sebanyak  56 gedung terbakar (24 di antaranya gereja) dan beberapa korban meninggal.

Sementara di Tasikmalaya Jawa Barat, kerusuhan meletus pada 26 Desember, yang berawal dari aksi pemukulan polisi terhadap KH. Mahmud Farid. Dari kerusuhan ini, tercatat 70 bangunan rusak serta 107 kendaraan terbakar dan empat korban meninggal dunia.

Baca Juga: Gay dan Pria Biseksual Dalam Hubungan Monogami Boleh Mendonorkan Darah di AS

Baik di Situbondo maupun di Tasikmalaya, kaum minoritas Tionghoa menjadi korbannya baik jiwa maupun harta benda. Dan semuanya untuk menyudutkan NU dan Gus Dur.

Munculnya "ninja-ninja" yang membantai guru ngaji, merupakan peristiwa kelam yang dikenang oleh sebagian besar warga nahdliyyin.

Tragedi pembantaian Banyuwangi pada 1998, menelan korban dengan catatan beragam versi. Ada perbedaan jumlah korban antara versi Pemkab Banyuwangi dan versi Tim Pencari Fakta (TPF).

Pemkab Banyuwangi (masa itu) merilis ada 115 korban jiwa yang tersebar di 20 kecamatan. Adapun versi TPF Nahdlatul Ulama ada korban meninggal dunia lebih banyak, yakni 147 jiwa.

Baca Juga: Top 10 Penulis Terkaya dan Jurang Digital