Kemudian pada 2010, dirinya menjabat Komandan Satkat Koarmatim. Ia kemudian ditunjuk menjadi Panglima Komando Lintas Laut Militer (Kolinlamil) pada (2017-2018).

Tak berlangsung lama, Yudo dipercaya untuk mengemban sebagai Panglima Komando Armada I (Pangkoarmabar sebelumnya, red) yang menduduki wilayah laut Indonesia bagian barat (2018-2019).

Saat itu timnya menemukan black box atau kotak hitam Lion Air yang jatuh di perairan Karawang, Jawa Barat, pada 2018.

Dengan kinerjanya yang baik, Yudo kembali ditunjuk sebagai Panglima Komando Gabungan Wilayah Pertahanan (Pangkogabwilhan) I, yang merupakan komando utama operasi Markas Besar Tentara Nasional Indonesia (2019-2020).

Saat menjabat sebagai Pangkogabwilhan I dengan pangkat bintang tiga atau laksamana madya, Yudo mampu meredam ketegangan di wilayah Natuna, Kepulauan Riau, karena adanya pelanggaran oleh kapal nelayan China pada 2020.

Bahkan, Yudo juga terlibat aktif dalam penanganan COVID-19 yang melanda Indonesia pada Maret 2020.

Terutama dalam hal pemulangan warga negara Indonesia (WNI) dari China ke Tanah Air dan pembangunan rumah sakit darurat untuk pasien COVID-19 di Pulau Galang dan Wisma Atlet.

Dengan prestasinya itu, Yudo kemudian dipercaya untuk mengemban sebagai Kepala Staf Angkatan Laut (Kasal) untuk menggantikan Laksamana TNI Siwi Sukma Adji yang memasuki masa pensiun pada 2020.

Dalam kehidupan pribadinya, Yudo Margono memiliki seorang istri bernama Veronica Yulis Prihayati.

Dikenal sebagai seorang perwira menengah Polri (AKBP), Yulis juga menjabat sebagai Ketua Umum Jalasenastri.